In der Abteilung 2 findet die Koordinierung des Akademiebetriebs statt. Die Abteilungsleitung hat ihren Sitz in Nienburg und wird durch Andrea Marquardt ausgeführt.
Die Abteilung gliedert sich in fünf Dezernate, die zentrale Aufgaben erfüllen um den laufenden Akademiebetrieb sicherzustellen.